Som et resultat av møtet i departementet – og mye på grunn av Manon Haccius sitt bidrag – ble det konkludert med at Debio skulle tildeles rollen som utøvende kontrollinstans med Statens landbrukstilsyn og Statens næringsmiddeltilsyn (Mattilsynet fra 2004) som overordnede kontrollmyndigheter. Slik ble hensynet, både til godkjenning av produksjon, forvaltning av tilskuddsordninger og til merkebruk, best ivaretatt. Denne løsningen var også kostnadsbesparende fordi den ikke medførte behov for opplæring av det landsdekkende, kommunale næringsmiddeltilsynet i forvaltningen av en ny kontrollordning.
Dette er en modell som fortsatt består (per 2020). Mattilsynet fører tilsyn med Debio som har fått delegert myndighet til å organisere og utføre den utøvende kontrollen, fatte vedtak om sertifisering av produksjoner, og om retten til å bruke Ø-merket. Mattilsynet fatter vedtak om dispensasjoner fra regelverket og om midlertidig bruk av ikke-økologiske ingredienser i foredlingsprodukter. En viktig forutsetning har hele tiden vært at Debio skulle forplikte seg til å stille Ø-merket til disposisjon for sertifisert økologisk produksjon på EU-forordningens regelnivå.

Også i tiden etter at EUs bestemmelser var gjort gjeldende i Norge i 1994, fortsatte debatten om konsekvenser for det fremtidige handlingsrommet. Hvilken rolle kunne den internasjonale ideelle organisasjonen IFOAM få når det nasjonale regelverket skulle fastsettes av offentlige myndigheter? NØLL inviterte til seminar i desember 1996 for å belyse konsekvenser av EØS-avtalen for økologisk landbruk i Norge.
På oppdrag fra Landbruksdepartementet evaluerte Det Norske Veritas den norske modellen for kontroll av økologisk produksjon i 1999. Veritas konkluderte med at en videreføring uten prinsipielle endringer var det mest formålstjenlige. Noen år senere trakk Mattilsynet samme konklusjon etter en ny gjennomgang av den norske kontrollordningen.

Det Norske Veritas konkluderte med at den etablerte ordningen mrf Debio som utøvende kontrollinstans burde videreføres.

Spørsmålet om økologikontrollen i sin helhet skulle være offentlig har vært vurdert flere ganger. Hver gang (per 2020) har konklusjonen blitt at den mest hensiktsmessige ordningen vil være å videreføre den modellen som kom på plass i 1994. Fra Nationen, 2008.
Samarbeidet, som ble inngått mellom statlige myndigheter og den private organisasjonen Debio i 1994, la altså grunnlaget for en kontrollordning som nå har bestått i mer enn 25 år (per 2020) uten vesentlige endringer. Situasjonen som oppsto etter EØS-avtalen, kunne imidlertid ha fått et helt annet utfall og med en helt annen rollefordeling mellom statlige myndigheter og Debio.
At enkeltpersoners inngripen og bidrag i avgjørende situasjoner og møter ble bestemmende for retningsvalg som fikk store konsekvenser, er hevet over tvil. Handlekraften som Anders Heen i Landbrukstilsynet viste for å sikre at Debio skulle inviteres til å delta i forhandlingene i Landbruksdepartementet, og de juridiske avklaringene som Manon Haccius bidro med i dette møtet, var helt avgjørende for utfallet.
Fra den spede starten i 1986 har Debio (per 2020) fått en rolle og anerkjennelse som var vanskelig å forutse den gang Debio fortsatt var en grasrotorganisasjon og enda ikke medregnet i «det gode selskap av seriøse organisasjoner» innen landbruket generelt. I 2016 kunne Debio feire 30-års jubileum, fortsatt med status som den eneste sertifiseringsinstansen for økologisk produksjon i Norge.