Bakgrunnen for etableringen av Debio er beskrevet i Sertifiseringsordning for økologisk landbruk - Debio og i innledningen til dette kapittelet om konsolideringsfasen. Debio skulle være en brobygger og et tillitsskapende ledd mellom produksjon og forbruk. Organisasjonsstrukturen måtte derfor ivareta hensynet til habilitet og troverdighet i sertifiseringsarbeidet. «Det økologiske miljøet» stod samlet bak etableringen av Debio og av Ø-merket som fortsatt er i Debios eie (per 2020). Ø-merket bekrefter sertifisert økologisk produksjon i Norge.
Spørsmålet i hvilken grad opplysningsvirksomhet i Debios regi til fremme av Ø-merket kunne kombineres med oppgaven som habilt og troverdig sertifiseringsorgan har blitt reist ved flere anledninger, internt og eksternt. Sertifiseringsoppgaven vil jo, teoretisk sett, kunne misbrukes og tilpasses kortsiktige ønsker om større økologisk produksjon og bruk av Debios Ø-merke. Samtidig ble det fra flere hold etterlyst muligheter for at Debio selv skulle kunne styrke produsentenes og forbrukernes kjennskap til og kunnskap om organisasjonens eget merke.
Fra siste halvdel av 1990-tallet har fastsetting av gebyrer for inspeksjoner og sertifisering av gårdsbruk, foredlings- og omsetningsbedrifter vært myndighetsstyrt. Finansieringsmodellen som ble lagt til grunn var at om lag 1/3 av kostnadene skulle dekkes av gebyrer fra brukerne og resten over statsbudsjettet med tildeling fra Mattilsynet. Midler til promotering av Ø-merket i Debios regi lå ikke inne i budsjettene som en egen post.
Offentlige prosjektmidler til Debio for markedsføring av Ø-merket har blitt tildelt i svært begrenset omfang. Det alt vesentlige ble tildelt informasjonskampanjer med flere aktører og der andre enn Debio hadde prosjektledelse. Dagligvarehandelen har også hatt en sentral rolle gjennom produktannonsering og på annen måte. Etter at Matmerk fikk ansvaret for generisk markedsinformasjon, ble informasjonsarbeidet knyttet til Ø-merket for en stor del planlagt og gjennomført i deres regi.
I Sverige har situasjonen vært annerledes. I gebyrene til den private sertifiseringsinstansen KRAV, som tilsvarer norske Debio, har det hele tiden inngått en andel til markedsføring av KRAV-merket i KRAVs egen regi. Tanken har vært at større kjennskap til og kunnskap om KRAV-merket vil tjene produsentenes interesser, som de derfor må være med å finansiere.
Debios primære oppgaver knyttet til kontroll og sertifisering ble ytterligere forsterket med den rollen Debio fikk da EUs bestemmelser og regelverk for økologisk produksjon ble innført i Norge gjennom EØS-avtalen i 1994. Spørsmålet oppsto om Debio skulle få delegert ansvar til å fortsette sin virksomhet, eller om myndighetene skulle overta kontroll og sertifisering av økologisk produksjon som en statlig oppgave.
Hvorfor myndighetene så seg best tjent med å delegere utøvende myndighet til Debio er beskrevet i Regelverksutvikling i Norge og Ren statskontroll eller samarbeid med private aktører. Ansvaret for forvaltningen av et offentligrettslig regelverk forsterket uten tvil formelle krav til habilitet og behov for en tydelig grensegang mot virksomhet knyttet til promotering av Ø-merket, økologisk produksjon og forbruk.
Men spørsmålet om Debios kompetanse og nettverk kunne komme til nytte i enda større grad ved å la Debio utføre oppgaver utover sertifisering av økologisk produksjon, har blitt reist med jevne mellomrom. I rapporten fra arbeidsgruppen som Landbruksdepartementet nedsatte i 1999 for å utarbeide forslag til markedsstrategier, se Mål, handlingsplaner og styringsdokumenter, var ett av rådene å etablere et «Opplysningskontor for økologiske produkter». Debio skulle tillegges sekretariatsansvaret for markedskommunikasjon med et eget budsjett, adskilt fra sertifiseringsoppgavene. Men dette rådet ble ikke tatt til følge. Landbruksdepartementet presiserte tvert imot at det ikke var aktuelt med en slik rolleblanding.
Debio videreutviklet praksis og kompetanse som kontroll- og sertifiseringsinstans, men ble også involvert i prosjekter der informasjon om økologisk produksjon og om Ø-merket stod sentralt. I Informasjonskampanjer og generisk markedsføring om informasjonskampanjer og generisk markedsføring, er det nevnt eksempler på dette. Debio deltok, men ikke som hovedansvarlig. Ø-merket ble omtalt på Debios nettsider og i Debios informasjonsmateriell som Debios eiendom, men ble ikke markedsført og promotert gjennom større kampanjer i egen regi.
Nye og utvidede virksomhetsområder, utover økologisk landbruk, fikk etter hvert aktualitet. Et nytt sertifiseringsområde ble marin produksjon, og Debio utførte Global Gap-revisjoner, en internasjonal miljøstandard for sjømat som omfatter alle ledd fra fangst til ferdig produkt. Debio inngikk også en avtale med KSL Matmerk om å utføre KSL-revisjoner, Kvalitetssystem i landbruket, en standard med sjekklister og veiledere knyttet til lover, forskrifter og krav fra varemottakere som brukes i revisjoner av gårdsbruk. I første omgang omfattet avtalen KSL-revisjoner på gårdsbruk med økologisk produksjon for å effektivisere revisjonsarbeidet rettet mot landbruket ved å redusere antall besøk hos bonden. Senere ble det også inngått avtaler om KSL-revisjon av konvensjonelle gårdsbruk i Debios regi.
Samarbeidet mellom KSL Matmerk og Debio, og det faktum at begge organisasjoner var eiere og forvaltere av merker som Nyt Norge og Spesialitet (KSL Matmerk), og Ø-merket og Bærekraft-merket (Debio), førte til at det i 2010 ble startet sonderinger om etablering av et nytt, felles sertifiseringsselskap. Intensjonen var å samordne og effektivisere tilbud og utførelse av ulike sertifiseringstjenester for norsk landbruk og matproduksjon generelt.
Prosessen med sonderinger var også understøttet av føringer i Landbruks- og matdepartementets handlingsplan Økonomisk, agronomisk – økologisk! fra 2009, der det heter: Det skal i løpet av en treårs periode vurderes hvilken rolle/funksjon de ovennevnte (KSL Matmerk, Debio og Norsk Landbruksrådgivning) kan fylle for å komplettere utviklingen av veiledning og kontroll i økologisk produksjon samt mulige andre merkeordninger der sertifisering og eventuelt inspeksjon inngår eller bør inngå. Videre heter det i handlingsplanen: Debio representerer en betydelig kompetanse som i fremtiden også kan bli aktuell for andre typer kontrollordninger både knyttet til økologisk og konvensjonelt landbruk. En videreutvikling av Debio bør derfor legge vekt på å styrke kompetansedelen omkring revisjon og sertifisering i landbruket generelt og i økologisk produksjon spesielt.
I 2011 ble det nedsatt en arbeidsgruppe for å utrede spørsmål knyttet til struktur og organisering av en felles revisjons- og sertifiseringsvirksomhet for primærproduksjon og næringsmiddelbedrifter som skulle dekke både konvensjonell og økologisk produksjon. Etter grundige vurderinger og kontakt til LMD, konkluderte Debio og Matmerk med at forutsetningene ikke var til stede for å gjennomføre en nyetablering slik situasjonen var da. Ved en eventuell overføring av sertifiseringsvirksomheten til et nytt, felles selskap, måtte Debio i tilfelle reorganiseres med hovedoppgaver knyttet til merke- og regelverksforvaltning.

Debios årsmøte i 2010 ga tilslutning til å skille ut sertifiseringsdelen i Debio i et eget datterselskap med flere eiere. I sluttrapporten fra utredningen i regi av KSL Matmerk og Debio ble det likevel konkludert med at forutsetningene for etablering av et nytt sertifiseringsselskap ikke var til stede. Organisasjonsstrukturen i Debio forble derfor uendret. Omtale fra årsmøtet i «Ren Mat» 2-2010.
Som tidligere omtalt var det ingen selvfølge at Debio skulle få delegert myndighet til å utføre økologitilsyn på vegne av norske myndigheter etter inngåelse av EØS-avtalen i 1994. Senere har det ved flere anledninger blitt vurdert å trekke den delegerte fullmakten tilbake til Statens landbrukstilsyn/Statens næringsmiddeltilsyn, og senere til Mattilsynet. I sin årsrapport for 2008 til Landbruks- og matdepartementet stilte Mattilsynet spørsmål ved om det var hensiktsmessig å opprettholde et eget, privat tilsynsorgan for økologisk produksjon. Men heller ikke da ble det foretatt endringer. Etter flere runder med vurderinger og avklaringer er Debio fortsatt en selvstendig organisasjon med de samme delegerte fullmaktene, og med en godt befestet posisjon (per 2020).
For å stimulere til økt forbruk av økologisk mat i storhusholdninger innførte Debio i 2013 en ordning med «valørmerker» i bronse, sølv, og gull som skulle fortelle om hvor store andeler økologisk mat som ble tilbudt i serveringer. Som pilot for det nye konseptet ble Nordic Choice Hotels (NCH) engasjert som prosjektpartner. Debio fikk tildelt midler fra Statens landbruksforvaltning (SLF), senere Landbruksdirektoratet, til prosjektet «Økt forbruk av økologisk mat i hotellrestauranter».
Målet var at alle norske Choice-hoteller skulle godkjennes for bronsemerket, som innebar en andel økologiske ingredienser på minimum 15 %, eller minimum 15 ulike økologiske produkter i serveringstilbudet. I prosjektet inngikk også produksjon av film og annonser i aviser og magasiner for å gjøre den nye merkeordningen kjent.
Dette innebar en markant utvidelse av Debios virksomhet som sertifiseringsinstans, som nå også skulle omfatte planlegging og gjennomføring av markedsaktiviteter. Denne satsingen fikk som nevnt økonomisk støtte fra SLF, og dessuten positiv omtale i nyhetsmeldinger fra Landbruks- og matdepartementet. Det bekreftet en aksept for aktiv promotering av økologisk mat og Debios merker av Debio selv. Sikkerheten for at Debio opprettholdt nødvendig habilitet i sammenheng med kontroll og godkjenning av økologisk produksjon ble ivaretatt gjennom akkrediteringen fra Norsk Akkreditering, årlig oppfølging og tilsyn fra Mattilsynet som kontrollmyndighet, og gjennom Debios egen kontrollkomite «Debios komité for upartiskhet».
I sammenheng med Choice-prosjektet og tilhørende kursvirksomhet ble det etablert et samarbeid med foregangsfylkeprosjektet Økt forbruk av økologisk mat i storhusholdninger – ØQ – i regi av Fylkesmannen i Oslo/Akershus og Østfold, se Store nasjonale satsingsprogrammer. Det ble også innledet et samarbeid med Nofima om ulike markedsaktiviteter. Debio fikk tildelt nye midler fra SLF til flere utviklingsprosjekter med markedsinnretning som gjorde at det nye virksomhetsområdet etter hvert fikk et betydelig omfang. Det oppsto derfor et behov for et tydeligere skille mellom Debios to virksomhetsområder: Sertifisering («trygge økologisk og bærekraftig produksjon») og markedsaktiviteter («fremme økologisk og bærekraftig produksjon, omsetning og forbruk»).
I 2014 ble Debio forespurt av Fylkesmannen i Oslo og Akershus om å overta ansvaret for den utøvende veiledningstjenesten i fylker og kommuner knyttet til foregangsfylkeprosjektet ØQ. Da var tiden inne til å etablere et eget selskap for markedsaktiviteter, heleid av Debio.
Etter en avklarende dialog med Landbruks- og matdepartementet og Mattilsynet, ble Debio-info (per 2020 DebioInfo) etablert i 2015 som et aksjeselskap med formål å informere, veilede og drive utviklingsprosjekter på økologiområdet og på andre områder knyttet til bærekraftig produksjon og forbruk.

I henhold til vedtektene er Debios formål å trygge og fremme økologisk og bærekraftig produksjon, omsetning og forbruk. DebioInfo ble etablert i 2015 for å ivareta «fremme-funksjonen» med opplysnings- og markedsføringsvirksomhet, adskilt fra «trygge-funksjonen» knyttet til sertifisering.
Sertifiseringsvirksomheten er per 2020 organisert under DebioSert. Matvalget ble etablert under DebioInfo for å overta og videreføre oppgaver knyttet til foregangsfylkeprosjektet ØQ etter endt prosjektperiode. Matvalget bistår virksomheter i offentlig og privat sektor som vil utvikle økologiske og bærekraftige menyer og måltider, tilbyr gratis førsteråd til storhusholdninger, holder kurs og seminarer, og sørger for annen oppfølging, se Økologisk mat i storhusholdninger. Matvalgets virksomhet er finansiert med tilskudd fra Landbruksdirektoratet i tillegg til inntekter fra betalte tjenester.
Debio har alltid vært en åpen medlemsorganisasjon som skal sikre tillit og samarbeid mellom alle aktører innen økologisk og bærekraftig produksjon, omsetning og forbruk. Medlemmene er organisasjoner knyttet til disse tre leddene i varekjeden, «fra fjord og jord til bord». Enkeltvirksomheter, som sertifiseres av Debio, kan ikke være selvstendige medlemmer. Årsmøtet er Debios øverste organ og velger styrets medlemmer fra de tre medlemskategoriene.

Debios egen beskrivelse av sin virksomhet, fra nettsiden 2020.
Per 2020 er Debios hovedkontor på Bjørkelangen, mens virksomheter under DebioInfo har også kontor i Oslo, både i sentrum og på Gartneriet/Bygdø Kongsgård, der Matvalget har tilhold. Debios kvalitetsrevisorer, som årlig besøker alle Debio-sertifiserte virksomheter for kontroll og veiledning, har tilhold ulike steder i landet.