På oppdrag fra Mattilsynet sammenlignet Vitenskapskomiteen for mat og miljø (VKM) i 2011 effekter av økologisk og konvensjonell produksjon på plantehelse, dyrehelse, dyrevelferd og folkehelse. Oppdraget ble gitt fordi Mattilsynet ønsket et bedre kunnskapsgrunnlag til å informere forbrukerne, veilede landbruksnæringen, tilpasse nasjonalt regelverk på en best mulig måte, og for å kunne bidra til å forbedre internasjonalt regelverk på et saklig grunnlag. Oppdraget omfattet ikke vurderinger av bærekraft eller miljøeffekter av produksjonsmetodene. Resultatene ble lagt frem i april 2014 og presentert i én hovedrapport og fem delrapporter, noe som bekreftet at gjennomgangen var omfattende.
Men måten resultatene ble presentert på vakte til dels sterke reaksjoner. Det oppsto strid om pressens tolkning av konklusjoner fra forskningen slik det ofte gjør. Presseoppslag i aviser, TV og radio kunne lett tolkes som at det ikke var funnet vesentlige forskjeller mellom de to driftsmetodene, med et etterlatt inntrykk av at etterspørsel etter økologisk mat nærmest var helt ubegrunnet. Skeptikere, som tidligere hadde uttalt seg kritisk til økologisk landbruk, fikk «vann på mølla» og brukte konklusjoner fra rapporten for alt de var verdt – og vel så det – til å forfekte egne synspunkter.
All norskprodusert mat er trygg, het det. Det var, naturlig nok, liten oppmerksomhet om forhold som VKMs rapport ikke omtalte, som miljøeffekter og bærekraft. Faktorer som risiko for rester av kjemiske plantevernmidler i maten, konsekvenser for biologisk mangfold og for jordhelse, fikk også lite oppmerksomhet.

Fagbladet Dagligvarehandelen omtalte VKM-rapporten, april 2014.

iFinnmark.no omtalte også VKM-rapporten, april 2014.
Slike oppslag, og vinklingen som saken fikk i media, gjorde at flere tok til motmæle. Ikke bare organisasjoner knyttet til økologisk landbruk, men også forskningsmiljøer, ernæringsfysiologer og leger lot høre fra seg. Én som markerte seg med faglig tyngde var daglig leder i Oikos-Økologisk Norge, Regine Andersen. Hun laget en oversikt over funn i VKMs rapport og sammenlignet økologisk og konvensjonell produksjon og mat for hvert område som var undersøkt, utelukkende basert på VKMs egne beskrivelser og konklusjoner. Andersen fant at økologisk «scoret» best på de fleste områdene, noe hun mente var underkommunisert i presentasjonen og i omtaler av rapporten.
Regine Andersen skrev til Mattilsynet og uttrykte bekymring over det tapet av omdømme som VKM-rapporten uberettiget kunne påføre økologisk landbruk, og med anmodning om å korrigere det feilaktige inntrykk som etter hennes mening var gitt i medier og i offentlighet. I sitt tilsvar skrev Mattilsynet at de hadde forståelse for Oikos sin oppfatning av at omtalen av rapporten hadde vært mindre nyansert enn det konklusjonene i rapporten tilsa. For mer inngående informasjon om bakgrunnen for rapportens vurderinger og konklusjoner ble Oikos imidlertid anbefalt å ta direkte kontakt med VKM.
Andersen engasjerte seg i dialog med medlemmer av komiteen, og fikk dekning i TV og radio (Dagsnytt 18, NRK Her og Nå, TV2-nyhetene, Radio Norge og P4-nyhetene). Hun skrev også kronikker i flere aviser.
Utdrag fra en kronikk i Nationen, juni 2014, der Regine Andersen fra Oikos-Økologisk Norge retter kritikk både mot VKMs habilitet og måten resultater fra rapporten ble fremlagt på.
Som nevnt var det ikke bare organisasjoner og personer knyttet til økologisk landbruk som reagerte på vinklinger i presentasjonen av VKM-rapportens premisser og konklusjoner. Tidsskriftet Dagens Medisin hadde også en omtale:

Fra «Dagens medisin», juni 2015. Senere i artikkelen heter det:

VKM-rapporten førte altså til sterke meningsutvekslinger. At formidlingen av rapportens vurderinger og konklusjoner av noen ble ansett for å være ubalansert og til dels misvisende, ga også et engasjement og gode faglige diskusjoner som fikk ulike miljøer til å «bryne seg» på dette fagfeltet. At miljø og bærekraft ikke var omtalt i rapporten bidro til dette. Men som på andre samfunnsområder preget av motstridende oppfatninger, kunne vitenskapelige rapporter hverken bekrefte eller avkrefte ulike synspunkter og påstander på en slik måte at debatten opphørte. For mange handlet økologisk landbruk mer om etikk og holdninger til en forsvarlig natur- og ressursforvaltning enn om eksakte innhold av vitaminer i produktene.
Det omdømmetapet som mange mente at VKM-rapporten påførte økologisk landbruk ble forsterket av andre hendelser. Høsten 2016 pågikk det en opphetet debatt i det offentlige rom om økologisk landbruks innhold og troverdighet som følge av et program i NRK.
Folkeopplysning eller folkeforføring?
I NRK-serien «Folkeopplysningen» med programleder Andreas Wahl, var økologisk landbruk tema i september 2016. Programserien hadde som uttalt mål «å undersøke nye tema hvor det er stort sprik mellom det folk tror og det forskningen kan fortelle oss».
I likhet med rapporten fra VKM vakte fremstillingen av økologisk landbruk i dette programmet sterke reaksjoner. Men til forskjell fra VKM-rapporten, som var basert på forskning og en klargjøring av hva undersøkelsen ikke omfattet, bar vinklingen og presentasjonsformen i TV-programmet etter manges mening preg av å være et angrep uten dekning i forskning og fakta, motivert av et ønske om å sverte økologisk landbruks omdømme på et «vitenskapelig» grunnlag.

Fra Dagbladet, september 2016.
Programlederens påståtte hovedfunn, og hans hovedpoeng, var at det ikke fantes vitenskapelige bevis for at økologisk mat er sunnere, eller for at denne produksjonsformen er bedre for miljøet og for dyrevelferden, med unntak av kylling- og eggproduksjon. Blant temaer som ble tatt opp var smak, bruken av plantevernmidler, dyrevelferd, arealbruk og GMO (genmodifiserte organismer).
Påstander fra enkelte hold gikk ut på at programmet bar preg av å være laget av personer med forutinntatte holdninger som bevisst utelot fakta, og som ønsket å konstruere konflikter mellom økologisk og annet landbruk. «Dette var ikke folkeopplysning, men folkeforføring», hevdet noen. Andre tok programmet som en bekreftelse på en mistanke de hadde hatt om at økologisk landbruk i det store og det hele hadde lite positivt å bidra med.
Som i debatten rundt VKM-rapporten deltok daglig leder i Oikos-Økologisk Norge, Regine Andersen, også her. Hun medvirket i programmet, og opplevde at informasjon og uttalelser hun hadde gitt i forkant, og i programinnslaget, ikke ble satt inn i en riktig sammenheng. I avisinnlegg og kronikker redegjorde hun for sitt budskap, foretok en gjennomgang av enkeltutsagn og referanser i programmet og dokumenterte faktiske feil.
Mange andre engasjerte seg også i den offentlige debatten etter visningen av programmet.

Fra en kronikk i Natt@Dag, september 2016. Kleiva, miljøansvarlig for Øyafestivalen, skriver videre:

Selv om flere med faglig tyngde forsøkte å imøtegå påstander i programmet, bidro omtalen av økologisk landbruk i «Folkeopplysningen» utvilsomt til endrede holdninger i deler av befolkningen. Senere har det i ulike sammenhenger blitt referert til dette programmet som et «sannhetsvitne» for hva forskningen har «avslørt». Per 2020 er det fortsatt mange som viser til programmet for å begrunne en negativ holdning til økologisk landbruk og økologisk mat. Holdningen «for eller imot» ble mer utbredt.
En mer nyansert holdning, som adm. direktør i Stiftelsen Matmerk, Nina Sundqvist, ga uttrykk for, var det ikke så mange av:

Sundqvist skriver videre om det å lære av hverandre:

I «Folkeopplysningen» var vinsmaking gjort til en del av grunnlaget for å bedømme smakskvaliteten til økologiske produkter i forhold til konvensjonelle. De programansvarlige hadde en oppfatning av at talspersoner for økologisk landbruk fremhevet smak som noe som alltid skiller økologiske produkter fra konvensjonelle. Smakstester skulle derfor være godt egnet som metode for å bedømme verdien av økologisk produksjon. Men tradisjonen har heller vært å være tilbakeholden med bastante uttalelser om smak og andre enkeltkvaliteter. Det vil som oftest være forskjeller mellom økologiske og konvensjonelle planteprodukter når de dyrkes under helt like forhold. Men klima, jordtype og sort kan ha så stor betydning for smak og andre kvaliteter at dyrkingsmetodene sjelden vil avgjøre resultatet alene.
Tydelige budskap i slike TV-innslag setter seg ofte fast hos seerne, uavhengig av relevans og seriøsitet. Et annet eksempel, som viser det samme, var en smakstest i forbindelse med en valgdebatt i NRK i september 2015. I et underholdningsinnslag underveis i programmet ble tidligere landbruks- og matminister, Sylvi Listhaug og daværende landbruks- og matminister, Trygve Slagsvold Vedum, utfordret til å blindteste smaken på gulrøtter fra henholdsvis økologisk og konvensjonell produksjon. Begge tok feil av hvilke gulrøtter som var økologiske og konvensjonelle, til allmenn latter og begeistring hos publikum. I og for seg en harmløs test, men likevel uheldig for økologisk landbruks generelle omdømme, særlig fordi det bygget opp under en skepsis som andre debattanter hadde gitt uttrykk for i det samme programmet. Og de to som deltok i testen var jo autoritetspersoner på området. Selv om det ble poengtert at testen var uhøytidelig og uvitenskapelig, bidro nok også den til å svekke folks tiltro til økologisk landbruk.

Sylvi Listhaug og Trygve Slagsvold Vedum i en blindtest i en valgdebatt i september 2015.
Mange kan bli påvirket til å tro at økologisk produksjon og forbruk bare handler om smak og egen mage når de ser slike innslag. Rapporten fra Vitenskapskomiteen for mat og miljø i 2014, TV- og radioinnslag med økologisk landbruk som underholdningstema i 2015, programmet «Folkeopplysningen», og regjeringens beslutning i 2016 om å forlate politiske måltall for økologisk produksjon og forbruk til fordel for en etterspørselsdrevet produksjon, svekket nok den generelle tilliten til økologisk landbruk i befolkningen. Mange fikk et inntrykk av at økologisk landbruk manglet forankring i allmenn og akseptert kunnskap, og bare hadde verdi for spesielt interesserte.
Senere har bildet endret seg i takt med større oppmerksomhet om landbrukets medansvar for miljø- og ressursforvaltning i et helhetlig og langsiktig bærekraftperspektiv. Men som det er vist til innledningsvis i dette kapittelet ligger økologisk landbruk og forbruk i Norge fortsatt langt etter utbredelse og status i våre naboland. Noen har pekt på at dette kan ha sammenheng med at norsk landbruk generelt er mindre industrialisert enn landbruket i land vi sammenligner oss med. Dette til tross er det enkelt å finne betydelige metodiske og praktiske forskjeller mellom økologisk og konvensjonell produksjon om man ser etter.
En annen faktor kan være den storslagne naturen som vårt land preges av, som «overdøver» det som ikke er så bra og som gjør oss «litt blinde» for det som pågår i våre nærmeste omgivelser, også i landbruket. At norsk natur, og rester av kulturlandskapet fra tidligere tiders driftsformer, ofte brukes som «kulisser» ved presentasjon av landbruket i ulike sammenhenger, gjør det ikke enklere å fremme et budskap om at økologisk landbruk faktisk kan fungere som en spydspiss for utvikling av driftsformer som vil ta nødvendige hensyn til naturens tålegrenser og langsiktige bærekraft.